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Habitat (au sens de la directive)
Milieu dans lequel vit une espèce ou un groupe d’espèces animales ou végétales (ex. : tourbières, roselières d’estuaire, chênaies, ...). Ce sont des zones terrestres ou aquatiques possédant des caractéristiques biogéographiques et géologiques particulières et uniques.
Hydroécorégion
C’est une zone homogène du point de vue de la géologie, du relief et du climat. Ces éléments naturels déterminent la quantité et la diversité d’espèces aquatiques (poissons, invertébrés, algues…) susceptibles d’être rencontrées dans les cours d’eau. Les hydroécorégions sont utiles pour délimiter les masses d’eau de surface et définir le bon état. Il existe 21 hydro-écorégions principales en France métropolitaine.

 
Hydromorphologie
C'est l'étude de la forme du lit de la rivière et de la façon dont elle transporte les sédiments (sables...).
Autrement dit, le lit (taille des matériaux constituant le fond...), la forme de la végétation des berges, rectiligne ou sinueux (méandres, gorges...) et la vitesse du courant. La morphologie des rivières influence la qualité de l'eau et des milieux. A titre d'exemple un courant rapide est propice aux truites, un écoulement lent est plutôt favorable au brochet ou à la carpe.
Certaines activités (extractions de sables et graviers, barrages, navigation...) modifient la morphologie de la rivière.