Ils sont prioritaires s’ils sont particulièrement atteints par les pollutions diffuses (principalement les nitrates et les pesticides) et s’ils ont un intérêt stratégique pour l’alimentation en eau potable. Cet intérêt est apprécié notamment selon le nombre de personnes desservies actuellement ou dans l’avenir, selon la capacité du captage à être utilisé comme ressource de secours pour d’autres populations.
Des mesures de protection renforcée sont mises en place sur les 128 captages prioritaires identifiés dans le Sdage Loire-Bretagne. Priorité sera donnée sur les périmètres de ces captages aux surfaces d’agriculture biologique et d’agriculture utilisant peu d’intrants afin de préserver la ressource en eau et de réduire ses coûts d’épuration.